本場比賽當值裁判組的判罰卻引起了比較大的爭議。據了解，玉昆俱樂部賽后第一時間責成專人收集材料，并準備就本場比賽期間三次比較明顯的爭議判罰向中足聯提出書面申訴。
云南玉昆申訴的第一方面內容：
比賽第63分鐘，申花隊發動前場進攻，其外援馬納法疑似在越位位置上接到隊友安德烈斯頭球助攻后完成兩連擊，從而為申花隊獲得導致扳平比分入球的那次角球機會；
云南玉昆申訴的第二方面內容：
比賽第77分鐘，申花球員李可搶球時，其右腳明顯蹬在了客隊外援內內左腿迎面骨上，但裁判員未對此動作進行判罰；
云南玉昆申訴的第三方面內容：
比賽第78分鐘左右，當值主裁判示意客隊被犯規，應主罰后場任意球。當時皮球離事發地點有相當的距離，玉昆隊弋騰將球踢向后場發球區域，結果被當值主裁判出示個人第二張黃牌，從而被罰出場。
云南玉昆方面認為這幾次判罰都存在比較明顯的錯、漏判。雖然比賽結果無法更改，但作為一家升班馬俱樂部，云南玉昆方面還是希望能夠通過正當渠道按程序維護自身權益，懇請賽事主管部門維護競賽公平公正。